Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
MSX1P28360 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
MSX1P28360 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
MSX1P28360 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms