Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms