Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS39Q96JC1 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms