Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CPSF3Q9UKF6 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CPSF3Q9UKF6 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CPSF3Q9UKF6 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CPSF3Q9UKF6 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CPSF3Q9UKF6 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
CPSF3Q9UKF6 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
CPSF3Q9UKF6 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CPSF3Q9UKF6 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
CPSF3Q9UKF6 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CPSF3Q9UKF6 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms