Protein–RNA interactions for Protein: Q9UJ41

RABGEF1, Rab5 GDP/GTP exchange factor, humanhuman

Predictions only

Length 708 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RABGEF1Q9UJ41 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
RABGEF1Q9UJ41 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
RABGEF1Q9UJ41 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
RABGEF1Q9UJ41 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
RABGEF1Q9UJ41 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
RABGEF1Q9UJ41 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
RABGEF1Q9UJ41 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
RABGEF1Q9UJ41 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
RABGEF1Q9UJ41 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
RABGEF1Q9UJ41 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
RABGEF1Q9UJ41 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
RABGEF1Q9UJ41 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
RABGEF1Q9UJ41 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
RABGEF1Q9UJ41 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
RABGEF1Q9UJ41 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
RABGEF1Q9UJ41 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms