Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC34.54■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC34.54■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC34.54■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC34.53■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC34.5■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC34.5■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC34.46■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.45■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC34.45■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC34.45■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC34.45■■■■□ 3.11
SHANK3Q9BYB0 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC34.44■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.43■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC34.42■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC34.4■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.4■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC34.39■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
SHANK3Q9BYB0 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
SHANK3Q9BYB0 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.36■■■■□ 3.09
SHANK3Q9BYB0 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
SHANK3Q9BYB0 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC34.34■■■■□ 3.09
SHANK3Q9BYB0 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
SHANK3Q9BYB0 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
SHANK3Q9BYB0 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
SHANK3Q9BYB0 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
SHANK3Q9BYB0 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC34.32■■■■□ 3.08
SHANK3Q9BYB0 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.08
SHANK3Q9BYB0 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
SHANK3Q9BYB0 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
SHANK3Q9BYB0 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
SHANK3Q9BYB0 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
SHANK3Q9BYB0 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
SHANK3Q9BYB0 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
SHANK3Q9BYB0 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC34.23■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC34.21■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
SHANK3Q9BYB0 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC34.19■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC34.17■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC34.16■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC34.14■■■■□ 3.06
SHANK3Q9BYB0 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.13■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.1■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC34.09■■■■□ 3.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms