Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
RPUSD4Q96CM3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
RPUSD4Q96CM3 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
RPUSD4Q96CM3 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
RPUSD4Q96CM3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
RPUSD4Q96CM3 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
RPUSD4Q96CM3 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
RPUSD4Q96CM3 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms