Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.069e-17■■■■■ 59.4
UPF1Q92900 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.789e-17■■■■■ 59.4
UPF1Q92900 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.729e-17■■■■■ 59.4
UPF1Q92900 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.892e-21■■■■■ 59.4
UPF1Q92900 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.432e-21■■■■■ 59.4
UPF1Q92900 BFAR-205ENST00000563082 773 ntTSL 514.93□□□□□ -0.023e-14■■■■■ 59.3
UPF1Q92900 BFAR-207ENST00000563971 1662 ntTSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.563e-14■■■■■ 59.3
UPF1Q92900 BFAR-201ENST00000261658 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.2□□□□□ -0.623e-14■■■■■ 59.3
UPF1Q92900 BFAR-209ENST00000565478 438 ntTSL 310.03□□□□□ -0.83e-14■■■■■ 59.3
UPF1Q92900 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.369e-17■■■■■ 59.1
UPF1Q92900 SF3B5-201ENST00000367569 693 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.995e-11■■■■■ 59
UPF1Q92900 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.195e-7■■■■■ 59
UPF1Q92900 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.775e-7■■■■■ 59
UPF1Q92900 SLC35A2-203ENST00000376515 1044 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.545e-7■■■■■ 59
UPF1Q92900 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.543e-7■■■■■ 58.8
UPF1Q92900 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.513e-7■■■■■ 58.8
UPF1Q92900 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.493e-7■■■■■ 58.8
UPF1Q92900 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.443e-7■■■■■ 58.8
UPF1Q92900 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.333e-7■■■■■ 58.8
UPF1Q92900 DAG1-218ENST00000515359 5576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.57□□□□□ -0.43e-7■■■■■ 58.8
UPF1Q92900 HYOU1-221ENST00000621959 3358 ntTSL 2 BASIC12.44□□□□□ -0.425e-11■■■■■ 58.8
UPF1Q92900 SDC3-201ENST00000336798 6392 ntTSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.411e-18■■■■■ 58.5
UPF1Q92900 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.741e-7■■■■■ 58.3
UPF1Q92900 ARHGDIA-205ENST00000579121 637 ntTSL 322.53■■□□□ 1.27e-36■■■■■ 58.2
UPF1Q92900 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.445e-13■■■■■ 58.2
UPF1Q92900 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.324e-12■■■■■ 58
UPF1Q92900 CNP-202ENST00000393892 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.274e-12■■■■■ 58
UPF1Q92900 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.512e-8■■■■■ 58
UPF1Q92900 SEPT9-208ENST00000541152 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.012e-8■■■■■ 58
UPF1Q92900 SEPT9-220ENST00000588690 2919 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.242e-8■■■■■ 58
UPF1Q92900 SEPT9-204ENST00000427180 3635 ntTSL 2 BASIC12.92□□□□□ -0.342e-8■■■■■ 58
UPF1Q92900 SEPT9-205ENST00000427674 3937 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.472e-8■■■■■ 58
UPF1Q92900 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.346e-52■■■■■ 58
UPF1Q92900 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.487e-23■■■■■ 57.8
UPF1Q92900 ACTN4-211ENST00000589528 441 ntTSL 223.3■■□□□ 1.323e-27■■■■■ 57.8
UPF1Q92900 LMNB2-205ENST00000532465 769 ntTSL 326.65■■□□□ 1.868e-19■■■■■ 57.6
UPF1Q92900 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.538e-19■■■■■ 57.6
UPF1Q92900 RNF4-216ENST00000511859 1373 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.548e-14■■■■■ 57.5
UPF1Q92900 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.258e-8■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.128e-8■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 AC079447.1-201ENST00000424491 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.267e-11■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 MRPL30-203ENST00000409841 1497 ntTSL 512.22□□□□□ -0.457e-11■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 MRPL30-204ENST00000465432 1752 ntTSL 512.18□□□□□ -0.467e-11■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 MRPL30-201ENST00000338148 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.15□□□□□ -0.797e-11■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.432e-7■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 CDIPT-208ENST00000567459 434 ntTSL 323.76■■□□□ 1.392e-7■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 SEPT9-228ENST00000590294 2816 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.382e-8■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 SEPT9-206ENST00000431235 4004 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.242e-8■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 SEPT9-203ENST00000427177 3821 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.61□□□□□ -0.392e-8■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 SEPT9-207ENST00000449803 3996 ntTSL 2 BASIC12.44□□□□□ -0.422e-8■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 SEPT9-201ENST00000329047 4453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.18□□□□□ -0.462e-8■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 GM2A-201ENST00000357164 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.02□□□□□ -1.133e-14■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 GPR68-203ENST00000531499 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.179e-11■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 GPR68-204ENST00000535815 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.239e-11■■■■■ 57.4
UPF1Q92900 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.151e-15■■■■■ 57.3
UPF1Q92900 LPIN2-201ENST00000261596 6229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.643e-11■■■■■ 57.3
UPF1Q92900 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.922e-22■■■■■ 57.2
UPF1Q92900 PHF21A-214ENST00000530587 1293 ntTSL 520.02■□□□□ 0.84e-8■■■■■ 57.2
UPF1Q92900 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC31.23■■■□□ 2.594e-36■■■■■ 57.2
UPF1Q92900 GANAB-211ENST00000532402 3718 ntTSL 1 (best)11.86□□□□□ -0.514e-26■■■■■ 57.2
UPF1Q92900 GANAB-216ENST00000540933 3836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.534e-26■■■■■ 57.2
UPF1Q92900 GANAB-201ENST00000346178 3906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.91□□□□□ -0.664e-26■■■■■ 57.2
UPF1Q92900 EMC1-202ENST00000375208 4084 ntTSL 2 BASIC9.07□□□□□ -0.966e-9■■■■■ 57.1
UPF1Q92900 CSNK1D-206ENST00000577578 928 ntTSL 217.83■□□□□ 0.442e-38■■■■■ 57.1
UPF1Q92900 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.221e-11■■■■■ 57.1
UPF1Q92900 TXNDC5-202ENST00000460138 2704 ntTSL 210.14□□□□□ -0.791e-11■■■■■ 57.1
UPF1Q92900 LYPLA2-208ENST00000472213 822 ntTSL 323.08■■□□□ 1.291e-11■■■■■ 56.9
UPF1Q92900 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.642e-23■■■■■ 56.9
UPF1Q92900 CYSTM1-204ENST00000509789 813 ntTSL 417.64■□□□□ 0.416e-7■■■■■ 56.9
UPF1Q92900 CYSTM1-202ENST00000504227 588 ntTSL 517.64■□□□□ 0.416e-7■■■■■ 56.9
UPF1Q92900 CYSTM1-203ENST00000509589 665 ntTSL 315.85■□□□□ 0.136e-7■■■■■ 56.9
UPF1Q92900 AJUBA-201ENST00000262713 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.062e-23■■■■■ 56.9
UPF1Q92900 AL132780.3-201ENST00000555074 835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.4□□□□□ -0.12e-23■■■■■ 56.9
UPF1Q92900 AJUBA-203ENST00000397388 2648 ntTSL 2 BASIC9.64□□□□□ -0.872e-23■■■■■ 56.9
UPF1Q92900 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.512e-13■■■■■ 56.8
UPF1Q92900 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.189e-9■■■■■ 56.8
UPF1Q92900 FGFR3-201ENST00000260795 4132 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.049e-9■■■■■ 56.8
UPF1Q92900 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.512e-7■■■■■ 56.8
UPF1Q92900 ORMDL3-205ENST00000581284 561 ntTSL 518.39■□□□□ 0.531e-56■■■■■ 56.7
UPF1Q92900 FP236383.1-201ENST00000623860 2498 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.365e-14■■■■■ 56.7
UPF1Q92900 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.598e-9■■■■■ 56.7
UPF1Q92900 ALDH4A1-206ENST00000538839 2957 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.188e-9■■■■■ 56.7
UPF1Q92900 ALDH4A1-202ENST00000375341 3363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.338e-9■■■■■ 56.7
UPF1Q92900 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.594e-26■■■■■ 56.6
UPF1Q92900 USP22-201ENST00000261497 5220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.162e-14■■■■■ 56.6
UPF1Q92900 USP22-206ENST00000537526 4976 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.332e-14■■■■■ 56.6
UPF1Q92900 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.865e-11■■■■■ 56.6
UPF1Q92900 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.865e-11■■■■■ 56.6
UPF1Q92900 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.475e-11■■■■■ 56.6
UPF1Q92900 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.365e-11■■■■■ 56.6
UPF1Q92900 GTF3C1-205ENST00000564747 2798 nt15.38■□□□□ 0.052e-9■■■■■ 56.6
UPF1Q92900 GTF3C1-201ENST00000356183 7018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.712e-9■■■■■ 56.6
UPF1Q92900 GTF3C1-202ENST00000561623 7015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.06□□□□□ -0.82e-9■■■■■ 56.6
UPF1Q92900 DNAJC11-204ENST00000451196 1357 ntTSL 1 (best)26.15■■□□□ 1.784e-9■■■■■ 56.5
UPF1Q92900 DNAJC11-202ENST00000377577 3311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.164e-9■■■■■ 56.5
UPF1Q92900 DNAJC11-206ENST00000465508 3014 ntTSL 213.23□□□□□ -0.294e-9■■■■■ 56.5
UPF1Q92900 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.863e-25■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 MRPL28-208ENST00000469744 1467 ntTSL 1 (best)24.9■■□□□ 1.583e-25■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 MRPL28-207ENST00000461550 1478 ntTSL 524.9■■□□□ 1.583e-25■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.443e-25■■■■■ 56.4
Retrieved 100 of 15,879 protein–RNA pairs in 484.2 ms