Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP53Q70EK8 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP53Q70EK8 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP53Q70EK8 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP53Q70EK8 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP53Q70EK8 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP53Q70EK8 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP53Q70EK8 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP53Q70EK8 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP53Q70EK8 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP53Q70EK8 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP53Q70EK8 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP53Q70EK8 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP53Q70EK8 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP53Q70EK8 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP53Q70EK8 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms