Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC30.48■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
SYNE3Q6ZMZ3 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC30.38■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC30.36■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC30.35■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC30.35■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
SYNE3Q6ZMZ3 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC30.31■■■□□ 2.44
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC30.29■■■□□ 2.44
SYNE3Q6ZMZ3 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
SYNE3Q6ZMZ3 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
SYNE3Q6ZMZ3 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
SYNE3Q6ZMZ3 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
SYNE3Q6ZMZ3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
SYNE3Q6ZMZ3 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
SYNE3Q6ZMZ3 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
SYNE3Q6ZMZ3 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC30.25■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC30.24■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC30.19■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC30.17■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC30.17■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC30.16■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC30.14■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
SYNE3Q6ZMZ3 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
SYNE3Q6ZMZ3 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC30.13■■■□□ 2.41
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.13■■■□□ 2.41
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 101.1 ms