Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
NCBP3Q53F19 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
NCBP3Q53F19 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
NCBP3Q53F19 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
NCBP3Q53F19 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
NCBP3Q53F19 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC34.07■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.04■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC34.03■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC34.03■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC34.03■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC34.02■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
NCBP3Q53F19 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC34.01■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC33.97■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.97■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.95■■■■□ 3.03
NCBP3Q53F19 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
NCBP3Q53F19 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC33.93■■■■□ 3.02
NCBP3Q53F19 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
NCBP3Q53F19 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.91■■■■□ 3.02
NCBP3Q53F19 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC33.91■■■■□ 3.02
NCBP3Q53F19 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC33.91■■■■□ 3.02
NCBP3Q53F19 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
NCBP3Q53F19 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
NCBP3Q53F19 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
NCBP3Q53F19 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
NCBP3Q53F19 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC33.86■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC33.85■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC33.84■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC33.83■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
NCBP3Q53F19 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.82■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC33.82■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC33.79■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC33.79■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC33.77■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
NCBP3Q53F19 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
NCBP3Q53F19 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC33.76■■■□□ 2.99
NCBP3Q53F19 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC33.76■■■□□ 2.99
NCBP3Q53F19 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC33.76■■■□□ 2.99
NCBP3Q53F19 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
NCBP3Q53F19 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
NCBP3Q53F19 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
NCBP3Q53F19 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
NCBP3Q53F19 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms