Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.87■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC31.84■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC31.83■■■□□ 2.69
SCN9AQ15858 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC31.82■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC31.82■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC31.81■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC31.81■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC31.8■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.8■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.77■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC31.77■■■□□ 2.68
SCN9AQ15858 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC31.76■■■□□ 2.67
SCN9AQ15858 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC31.74■■■□□ 2.67
SCN9AQ15858 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
SCN9AQ15858 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
SCN9AQ15858 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
SCN9AQ15858 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
SCN9AQ15858 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC31.72■■■□□ 2.67
SCN9AQ15858 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC31.72■■■□□ 2.67
SCN9AQ15858 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
SCN9AQ15858 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC31.71■■■□□ 2.67
SCN9AQ15858 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.7■■■□□ 2.67
SCN9AQ15858 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC31.69■■■□□ 2.66
SCN9AQ15858 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC31.67■■■□□ 2.66
SCN9AQ15858 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
SCN9AQ15858 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
SCN9AQ15858 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
SCN9AQ15858 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
SCN9AQ15858 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
SCN9AQ15858 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
SCN9AQ15858 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
SCN9AQ15858 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
SCN9AQ15858 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC31.63■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.63■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC31.58■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC31.58■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC31.58■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC31.57■■■□□ 2.65
SCN9AQ15858 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.54■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC31.52■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
SCN9AQ15858 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC31.49■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC31.49■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC31.48■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC31.47■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
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