Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHD3Q12873 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD3Q12873 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHD3Q12873 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
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