Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.26■■■□□ 2.12
COL4A4P53420 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
COL4A4P53420 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A4P53420 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL4A4P53420 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A4P53420 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL4A4P53420 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms