Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHANK3Q9BYB0 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHANK3Q9BYB0 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms