Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HOXC9P31274 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms