Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC61Q9Y6R9 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms