Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC31■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
LIMCH1Q9UPQ0 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC30.94■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC30.93■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC30.91■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC30.89■■■□□ 2.54
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC30.88■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC30.88■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC30.85■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC30.83■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC30.83■■■□□ 2.53
LIMCH1Q9UPQ0 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.82■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC30.79■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.78■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC30.78■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
LIMCH1Q9UPQ0 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC30.72■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC30.71■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.71■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC30.7■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.67■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC30.67■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC30.65■■■□□ 2.5
LIMCH1Q9UPQ0 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.62■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms