Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRP4

PAAF1, Proteasomal ATPase-associated factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 392 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PAAF1Q9BRP4 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
PAAF1Q9BRP4 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
PAAF1Q9BRP4 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
PAAF1Q9BRP4 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
PAAF1Q9BRP4 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
PAAF1Q9BRP4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
PAAF1Q9BRP4 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
PAAF1Q9BRP4 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
PAAF1Q9BRP4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
PAAF1Q9BRP4 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
PAAF1Q9BRP4 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
PAAF1Q9BRP4 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
PAAF1Q9BRP4 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
PAAF1Q9BRP4 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
PAAF1Q9BRP4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.25■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
PAAF1Q9BRP4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.15■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
PAAF1Q9BRP4 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
PAAF1Q9BRP4 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.7 ms