Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
USP28Q96RU2 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
USP28Q96RU2 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
USP28Q96RU2 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
USP28Q96RU2 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
USP28Q96RU2 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms