Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HPS3Q969F9 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
HPS3Q969F9 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HPS3Q969F9 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
HPS3Q969F9 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HPS3Q969F9 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
HPS3Q969F9 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC29.19■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
HPS3Q969F9 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.12■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
HPS3Q969F9 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
HPS3Q969F9 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
HPS3Q969F9 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HPS3Q969F9 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms