Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLIP4Q8N3C7 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CLIP4Q8N3C7 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP4Q8N3C7 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CLIP4Q8N3C7 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms