Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 SUMF2-216ENST00000483327 1195 ntTSL 214.69□□□□□ -0.061e-24■■■■■ 74.8
LIN28BQ6ZN17 SUMF2-218ENST00000529457 568 ntTSL 214.25□□□□□ -0.131e-24■■■■■ 74.8
LIN28BQ6ZN17 SUMF2-211ENST00000438133 1771 ntTSL 1 (best)13.96□□□□□ -0.171e-24■■■■■ 74.8
LIN28BQ6ZN17 ACLY-204ENST00000537919 2974 ntTSL 2 BASIC12.17□□□□□ -0.465e-12■■■■■ 74.6
LIN28BQ6ZN17 ACLY-203ENST00000393896 3682 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.555e-12■■■■■ 74.6
LIN28BQ6ZN17 USP6NL-205ENST00000609104 11377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.464e-9■■■■■ 74.4
LIN28BQ6ZN17 USP6NL-201ENST00000277575 4512 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.02□□□□□ -0.654e-9■■■■■ 74.4
LIN28BQ6ZN17 USP6NL-202ENST00000379237 4546 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.46□□□□□ -0.94e-9■■■■■ 74.4
LIN28BQ6ZN17 AL139011.2-201ENST00000556710 2635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.92□□□□□ -0.343e-43■■■■■ 74.4
LIN28BQ6ZN17 AL139011.2-202ENST00000485079 914 ntTSL 310.69□□□□□ -0.73e-43■■■■■ 74.4
LIN28BQ6ZN17 PEX19-204ENST00000467711 205 ntTSL 38.92□□□□□ -0.983e-43■■■■■ 74.4
LIN28BQ6ZN17 PEX19-205ENST00000472750 3504 ntTSL 1 (best)8.43□□□□□ -1.063e-43■■■■■ 74.4
LIN28BQ6ZN17 PEX19-201ENST00000368072 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.28□□□□□ -1.243e-43■■■■■ 74.4
LIN28BQ6ZN17 RNH1-217ENST00000529768 1019 ntTSL 224.83■■□□□ 1.572e-35■■■■■ 74.1
LIN28BQ6ZN17 RNH1-210ENST00000525701 1794 ntTSL 522.55■■□□□ 1.22e-35■■■■■ 74.1
LIN28BQ6ZN17 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.142e-35■■■■■ 74.1
LIN28BQ6ZN17 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.122e-35■■■■■ 74.1
LIN28BQ6ZN17 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.082e-35■■■■■ 74.1
LIN28BQ6ZN17 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.032e-35■■■■■ 74.1
LIN28BQ6ZN17 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.612e-35■■■■■ 74.1
LIN28BQ6ZN17 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.582e-35■■■■■ 74.1
LIN28BQ6ZN17 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.522e-35■■■■■ 74.1
LIN28BQ6ZN17 RNH1-224ENST00000534797 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.212e-35■■■■■ 74.1
LIN28BQ6ZN17 RNH1-209ENST00000525522 3281 ntTSL 1 (best)12.34□□□□□ -0.432e-35■■■■■ 74.1
LIN28BQ6ZN17 RPS27AP16-202ENST00000591758 566 ntBASIC11.18□□□□□ -0.628e-12■■■■■ 73.7
LIN28BQ6ZN17 RPS27AP16-201ENST00000492222 470 ntBASIC5.04□□□□□ -1.68e-12■■■■■ 73.7
LIN28BQ6ZN17 NDC1-201ENST00000371429 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.091e-8■■■■■ 73.6
LIN28BQ6ZN17 WDR82-201ENST00000296490 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.613e-8■■■■■ 73.6
LIN28BQ6ZN17 TARS2-201ENST00000369051 2106 ntTSL 514.71□□□□□ -0.062e-19■■■■■ 73.6
LIN28BQ6ZN17 TARS2-205ENST00000438568 2188 ntTSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.162e-19■■■■■ 73.6
LIN28BQ6ZN17 TARS2-204ENST00000369064 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.62e-19■■■■■ 73.6
LIN28BQ6ZN17 SMG6-201ENST00000263073 5960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.69e-30■■■■■ 73.4
LIN28BQ6ZN17 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.128e-19■■■■■ 73.3
LIN28BQ6ZN17 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.658e-19■■■■■ 73.3
LIN28BQ6ZN17 DOK1-205ENST00000464613 1807 ntTSL 217.12■□□□□ 0.338e-19■■■■■ 73.3
LIN28BQ6ZN17 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.078e-19■■■■■ 73.3
LIN28BQ6ZN17 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.081e-27■■■■■ 73.2
LIN28BQ6ZN17 PRRC2A-208ENST00000469577 918 ntTSL 516.83■□□□□ 0.281e-12■■■■■ 73
LIN28BQ6ZN17 SMC4-221ENST00000489573 1553 ntTSL 1 (best)22.98■■□□□ 1.274e-23■■■■■ 72.8
LIN28BQ6ZN17 SMC4-209ENST00000468653 1756 ntTSL 219.91■□□□□ 0.784e-23■■■■■ 72.8
LIN28BQ6ZN17 SMC4-211ENST00000469858 1971 ntTSL 218.97■□□□□ 0.634e-23■■■■■ 72.8
LIN28BQ6ZN17 SMC4-213ENST00000472282 667 ntTSL 310.36□□□□□ -0.754e-23■■■■■ 72.8
LIN28BQ6ZN17 SMC4-214ENST00000472991 582 ntTSL 510.01□□□□□ -0.814e-23■■■■■ 72.8
LIN28BQ6ZN17 SMC4-212ENST00000470240 724 ntTSL 37.81□□□□□ -1.164e-23■■■■■ 72.8
LIN28BQ6ZN17 SMC4-219ENST00000487747 637 ntTSL 54.67□□□□□ -1.664e-23■■■■■ 72.8
LIN28BQ6ZN17 SMC4-227ENST00000497984 563 ntTSL 54.33□□□□□ -1.724e-23■■■■■ 72.8
LIN28BQ6ZN17 SMC4-208ENST00000467468 566 ntTSL 43.88□□□□□ -1.794e-23■■■■■ 72.8
LIN28BQ6ZN17 MIR15B-201ENST00000385045 98 ntBASIC1.8□□□□□ -2.124e-23■■■■■ 72.8
LIN28BQ6ZN17 FXR1-210ENST00000473375 483 ntTSL 33.37□□□□□ -1.872e-35■■■■■ 72.7
LIN28BQ6ZN17 INTS8-220ENST00000524333 3272 ntTSL 216.94■□□□□ 0.32e-22■■■■■ 72.7
LIN28BQ6ZN17 INTS8-215ENST00000523321 2916 ntTSL 214.96□□□□□ -0.012e-22■■■■■ 72.7
LIN28BQ6ZN17 INTS8-214ENST00000523206 3351 ntTSL 1 (best)14.84□□□□□ -0.032e-22■■■■■ 72.7
LIN28BQ6ZN17 INTS8-201ENST00000343161 3434 ntTSL 1 (best)14.79□□□□□ -0.042e-22■■■■■ 72.7
LIN28BQ6ZN17 INTS8-217ENST00000523731 4633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.46□□□□□ -0.422e-22■■■■■ 72.7
LIN28BQ6ZN17 INTS8-207ENST00000520526 2482 ntTSL 1 (best)3.82□□□□□ -1.82e-22■■■■■ 72.7
LIN28BQ6ZN17 YWHAE-207ENST00000498643 312 ntTSL 311.15□□□□□ -0.622e-34■■■■■ 72.5
LIN28BQ6ZN17 PLOD3-206ENST00000454310 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 517.09■□□□□ 0.334e-11■■■■■ 72.4
LIN28BQ6ZN17 PLOD3-201ENST00000223127 2920 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.284e-11■■■■■ 72.4
LIN28BQ6ZN17 NUP160-201ENST00000378460 5376 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.345e-7■■■■■ 72.1
LIN28BQ6ZN17 NUP160-209ENST00000530326 4811 ntAPPRIS ALT2 TSL 56.43□□□□□ -1.385e-7■■■■■ 72.1
LIN28BQ6ZN17 DECR1-203ENST00000517314 654 ntTSL 517.12■□□□□ 0.332e-41■■■■■ 72
LIN28BQ6ZN17 DECR1-217ENST00000523447 727 ntTSL 313.26□□□□□ -0.292e-41■■■■■ 72
LIN28BQ6ZN17 DECR1-201ENST00000220764 1207 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.47□□□□□ -0.732e-41■■■■■ 72
LIN28BQ6ZN17 DECR1-208ENST00000519328 816 ntTSL 1 (best)5.87□□□□□ -1.472e-41■■■■■ 72
LIN28BQ6ZN17 DECR1-202ENST00000517301 464 ntTSL 35.59□□□□□ -1.512e-41■■■■■ 72
LIN28BQ6ZN17 DECR1-215ENST00000522161 1766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.5□□□□□ -1.532e-41■■■■■ 72
LIN28BQ6ZN17 DECR1-204ENST00000517597 897 ntTSL 54.41□□□□□ -1.72e-41■■■■■ 72
LIN28BQ6ZN17 TRAP1-208ENST00000573872 656 ntTSL 314.56□□□□□ -0.081e-13■■■■■ 71.7
LIN28BQ6ZN17 MAGOH-203ENST00000462941 738 ntTSL 212.43□□□□□ -0.427e-25■■■■■ 71.6
LIN28BQ6ZN17 LRBA-204ENST00000507224 8826 ntTSL 5 BASIC7.48□□□□□ -1.219e-14■■■■■ 71.5
LIN28BQ6ZN17 LRBA-209ENST00000510413 10032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.9□□□□□ -1.319e-14■■■■■ 71.5
LIN28BQ6ZN17 LRBA-207ENST00000509835 5578 ntTSL 1 (best)6.2□□□□□ -1.429e-14■■■■■ 71.5
LIN28BQ6ZN17 LRBA-201ENST00000357115 9899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.19□□□□□ -1.429e-14■■■■■ 71.5
LIN28BQ6ZN17 LRBA-203ENST00000503716 3712 ntTSL 1 (best)5.91□□□□□ -1.469e-14■■■■■ 71.5
LIN28BQ6ZN17 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.095e-12■■■■■ 71.4
LIN28BQ6ZN17 PRTG-201ENST00000389286 11967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.98□□□□□ -1.618e-9■■■■■ 71.3
LIN28BQ6ZN17 OLA1-205ENST00000427472 709 ntTSL 311.31□□□□□ -0.64e-13■■■■■ 71
LIN28BQ6ZN17 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.936e-29■■■■■ 70.8
LIN28BQ6ZN17 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.776e-29■■■■■ 70.8
LIN28BQ6ZN17 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.666e-29■■■■■ 70.8
LIN28BQ6ZN17 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.26e-29■■■■■ 70.8
LIN28BQ6ZN17 PUF60-209ENST00000527197 1559 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.046e-29■■■■■ 70.8
LIN28BQ6ZN17 PUF60-204ENST00000456095 1736 ntTSL 5 BASIC14.44□□□□□ -0.16e-29■■■■■ 70.8
LIN28BQ6ZN17 INO80D-201ENST00000403263 14136 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.18□□□□□ -1.583e-15■■■■■ 70.8
LIN28BQ6ZN17 CDYL-208ENST00000483019 773 ntTSL 211.36□□□□□ -0.597e-18■■■■■ 70.8
LIN28BQ6ZN17 CDYL-209ENST00000491864 614 ntTSL 57.19□□□□□ -1.267e-18■■■■■ 70.8
LIN28BQ6ZN17 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.713e-12■■■■■ 70.7
LIN28BQ6ZN17 DENND4B-208ENST00000480340 2530 ntTSL 214.77□□□□□ -0.043e-12■■■■■ 70.7
LIN28BQ6ZN17 RSL24D1-201ENST00000260443 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.12□□□□□ -0.952e-22■■■■■ 70.6
LIN28BQ6ZN17 RSL24D1-203ENST00000562993 940 ntTSL 35.61□□□□□ -1.512e-22■■■■■ 70.6
LIN28BQ6ZN17 VPS39-208ENST00000564994 629 ntTSL 312.37□□□□□ -0.435e-15■■■■■ 70.4
LIN28BQ6ZN17 VPS39-201ENST00000318006 4844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.665e-15■■■■■ 70.4
LIN28BQ6ZN17 VPS39-214ENST00000614932 2835 nt9.64□□□□□ -0.875e-15■■■■■ 70.4
LIN28BQ6ZN17 VPS39-205ENST00000562258 4160 ntTSL 29.61□□□□□ -0.875e-15■■■■■ 70.4
LIN28BQ6ZN17 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.777e-31■■■■■ 70.4
LIN28BQ6ZN17 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.487e-31■■■■■ 70.4
LIN28BQ6ZN17 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.397e-31■■■■■ 70.4
LIN28BQ6ZN17 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.097e-31■■■■■ 70.4
LIN28BQ6ZN17 HMGA1-203ENST00000374116 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.047e-31■■■■■ 70.4
LIN28BQ6ZN17 ACLY-207ENST00000590151 4309 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.33□□□□□ -0.925e-12■■■■■ 70.4
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 579.3 ms