Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP41Q3LFD5 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP41Q3LFD5 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP41Q3LFD5 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP41Q3LFD5 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP41Q3LFD5 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP41Q3LFD5 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP41Q3LFD5 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP41Q3LFD5 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP41Q3LFD5 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP41Q3LFD5 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP41Q3LFD5 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP41Q3LFD5 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP41Q3LFD5 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP41Q3LFD5 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms