Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
MSH2P43246 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
MSH2P43246 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
MSH2P43246 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
MSH2P43246 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
MSH2P43246 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
MSH2P43246 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
MSH2P43246 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
MSH2P43246 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
MSH2P43246 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
MSH2P43246 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
MSH2P43246 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
MSH2P43246 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.52■■□□□ 1.84
MSH2P43246 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
MSH2P43246 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
MSH2P43246 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
MSH2P43246 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
MSH2P43246 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
MSH2P43246 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
MSH2P43246 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
MSH2P43246 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
MSH2P43246 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
MSH2P43246 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
MSH2P43246 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
MSH2P43246 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
MSH2P43246 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
MSH2P43246 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
MSH2P43246 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
MSH2P43246 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
MSH2P43246 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
MSH2P43246 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
MSH2P43246 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
MSH2P43246 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
MSH2P43246 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
MSH2P43246 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
MSH2P43246 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
MSH2P43246 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
MSH2P43246 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
MSH2P43246 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
MSH2P43246 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
MSH2P43246 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
MSH2P43246 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
MSH2P43246 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
MSH2P43246 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
MSH2P43246 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
MSH2P43246 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
MSH2P43246 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
MSH2P43246 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
MSH2P43246 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
MSH2P43246 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
MSH2P43246 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
MSH2P43246 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
MSH2P43246 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
MSH2P43246 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
MSH2P43246 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
MSH2P43246 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
MSH2P43246 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
MSH2P43246 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
MSH2P43246 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
MSH2P43246 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
MSH2P43246 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
MSH2P43246 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
MSH2P43246 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
MSH2P43246 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
MSH2P43246 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
MSH2P43246 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
MSH2P43246 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
MSH2P43246 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
MSH2P43246 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
MSH2P43246 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
MSH2P43246 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
MSH2P43246 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
MSH2P43246 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
MSH2P43246 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
MSH2P43246 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
MSH2P43246 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
MSH2P43246 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
MSH2P43246 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
MSH2P43246 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
MSH2P43246 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
MSH2P43246 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
MSH2P43246 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
MSH2P43246 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
MSH2P43246 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
MSH2P43246 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
MSH2P43246 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
MSH2P43246 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
MSH2P43246 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
MSH2P43246 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
MSH2P43246 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
MSH2P43246 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
MSH2P43246 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
MSH2P43246 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MSH2P43246 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MSH2P43246 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
MSH2P43246 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MSH2P43246 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
MSH2P43246 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
MSH2P43246 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
MSH2P43246 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms