Protein–RNA interactions for Protein: P12004

PCNA, Proliferating cell nuclear antigen, humanhuman

Predictions only

Length 261 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCNAP12004 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PCNAP12004 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCNAP12004 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCNAP12004 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
PCNAP12004 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
PCNAP12004 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
PCNAP12004 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
PCNAP12004 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
PCNAP12004 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCNAP12004 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCNAP12004 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCNAP12004 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCNAP12004 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCNAP12004 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCNAP12004 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCNAP12004 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCNAP12004 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCNAP12004 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCNAP12004 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCNAP12004 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
PCNAP12004 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCNAP12004 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCNAP12004 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCNAP12004 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCNAP12004 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
PCNAP12004 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCNAP12004 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCNAP12004 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCNAP12004 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCNAP12004 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCNAP12004 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCNAP12004 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCNAP12004 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCNAP12004 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCNAP12004 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCNAP12004 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCNAP12004 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCNAP12004 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
PCNAP12004 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCNAP12004 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCNAP12004 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCNAP12004 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCNAP12004 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCNAP12004 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCNAP12004 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCNAP12004 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCNAP12004 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCNAP12004 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCNAP12004 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCNAP12004 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCNAP12004 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCNAP12004 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCNAP12004 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCNAP12004 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCNAP12004 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCNAP12004 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCNAP12004 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCNAP12004 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCNAP12004 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCNAP12004 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCNAP12004 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCNAP12004 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCNAP12004 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
PCNAP12004 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCNAP12004 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCNAP12004 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCNAP12004 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCNAP12004 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCNAP12004 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCNAP12004 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCNAP12004 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCNAP12004 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCNAP12004 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCNAP12004 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCNAP12004 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCNAP12004 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCNAP12004 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCNAP12004 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCNAP12004 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
PCNAP12004 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCNAP12004 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCNAP12004 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCNAP12004 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCNAP12004 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCNAP12004 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCNAP12004 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCNAP12004 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
PCNAP12004 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCNAP12004 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCNAP12004 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCNAP12004 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCNAP12004 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCNAP12004 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCNAP12004 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCNAP12004 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCNAP12004 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCNAP12004 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCNAP12004 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCNAP12004 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCNAP12004 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.1 ms