Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VIMP08670 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VIMP08670 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VIMP08670 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VIMP08670 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VIMP08670 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VIMP08670 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VIMP08670 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VIMP08670 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VIMP08670 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
VIMP08670 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VIMP08670 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VIMP08670 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VIMP08670 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VIMP08670 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
VIMP08670 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VIMP08670 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VIMP08670 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VIMP08670 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VIMP08670 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VIMP08670 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VIMP08670 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VIMP08670 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VIMP08670 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VIMP08670 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VIMP08670 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VIMP08670 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VIMP08670 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VIMP08670 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VIMP08670 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VIMP08670 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VIMP08670 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VIMP08670 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VIMP08670 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VIMP08670 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VIMP08670 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VIMP08670 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VIMP08670 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VIMP08670 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VIMP08670 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
VIMP08670 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VIMP08670 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VIMP08670 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VIMP08670 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VIMP08670 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VIMP08670 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VIMP08670 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VIMP08670 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VIMP08670 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VIMP08670 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VIMP08670 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VIMP08670 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VIMP08670 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
VIMP08670 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VIMP08670 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VIMP08670 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VIMP08670 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VIMP08670 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VIMP08670 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VIMP08670 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VIMP08670 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VIMP08670 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VIMP08670 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VIMP08670 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VIMP08670 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VIMP08670 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VIMP08670 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VIMP08670 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
VIMP08670 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VIMP08670 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
VIMP08670 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VIMP08670 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VIMP08670 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VIMP08670 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VIMP08670 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VIMP08670 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VIMP08670 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VIMP08670 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VIMP08670 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VIMP08670 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VIMP08670 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VIMP08670 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VIMP08670 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VIMP08670 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VIMP08670 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VIMP08670 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VIMP08670 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VIMP08670 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VIMP08670 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VIMP08670 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VIMP08670 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VIMP08670 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VIMP08670 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VIMP08670 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VIMP08670 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VIMP08670 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VIMP08670 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VIMP08670 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VIMP08670 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VIMP08670 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms