Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 PLOD3-215ENST00000487563 712 ntTSL 220.38■□□□□ 0.857e-8■■■■■ 31.9
SF3A3Q12874 PLOD3-208ENST00000460132 578 ntTSL 312.86□□□□□ -0.357e-8■■■■■ 31.9
SF3A3Q12874 SLC5A6-215ENST00000476319 842 ntTSL 313.59□□□□□ -0.231e-9■■■■■ 31.9
SF3A3Q12874 SLC7A5-202ENST00000563489 780 ntTSL 213.44□□□□□ -0.261e-6■■■■■ 31.9
SF3A3Q12874 MUS81-214ENST00000531905 3420 ntTSL 512.15□□□□□ -0.462e-6■■■■■ 31.9
SF3A3Q12874 NUP85-201ENST00000245544 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.221e-7■■■■■ 31.9
SF3A3Q12874 NUP85-211ENST00000579324 2010 ntTSL 2 BASIC11.28□□□□□ -0.61e-7■■■■■ 31.9
SF3A3Q12874 NUP85-210ENST00000579298 1890 ntTSL 5 BASIC10.85□□□□□ -0.671e-7■■■■■ 31.9
SF3A3Q12874 NUP85-220ENST00000583070 907 ntTSL 59.9□□□□□ -0.821e-7■■■■■ 31.9
SF3A3Q12874 NUP85-216ENST00000581104 2233 ntTSL 29.28□□□□□ -0.921e-7■■■■■ 31.9
SF3A3Q12874 HDAC1-206ENST00000476391 2409 ntTSL 1 (best)15.06■□□□□ 06e-8■■■■■ 31.9
SF3A3Q12874 FBXW5-207ENST00000487794 1932 ntTSL 1 (best)21.44■■□□□ 1.022e-7■■■■■ 31.8
SF3A3Q12874 NAGK-217ENST00000484984 582 ntTSL 317.23■□□□□ 0.352e-6■■■■■ 31.8
SF3A3Q12874 NAGK-228ENST00000533981 776 ntTSL 315.24■□□□□ 0.032e-6■■■■■ 31.8
SF3A3Q12874 NAGK-203ENST00000428360 488 ntTSL 512.82□□□□□ -0.362e-6■■■■■ 31.8
SF3A3Q12874 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.71e-6■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 FZR1-207ENST00000591290 1331 ntTSL 517.93■□□□□ 0.461e-6■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.281e-6■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-221ENST00000621183 896 ntTSL 515.21■□□□□ 0.032e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.132e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.132e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-219ENST00000617583 965 ntTSL 213.62□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.261e-6■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-212ENST00000428910 575 ntTSL 513.1□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.322e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-211ENST00000426513 905 ntTSL 312.78□□□□□ -0.362e-7■■■■■ 31.7
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SF3A3Q12874 MPV17-209ENST00000405983 859 ntTSL 5 BASIC12.24□□□□□ -0.452e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-218ENST00000616707 2315 nt12.21□□□□□ -0.462e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-207ENST00000403262 665 ntTSL 1 (best) BASIC12.02□□□□□ -0.492e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-202ENST00000357186 2011 ntTSL 2 BASIC9.57□□□□□ -0.882e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MPV17-213ENST00000430991 482 ntTSL 59.35□□□□□ -0.912e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 MIR4726-201ENST00000615971 58 ntBASIC8.95□□□□□ -0.984e-9■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 SRRM2-228ENST00000576878 1141 ntTSL 216.05■□□□□ 0.162e-40■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 SRRM2-204ENST00000570705 675 ntTSL 313.95□□□□□ -0.182e-40■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 SRRM2-206ENST00000571041 498 ntTSL 413.6□□□□□ -0.232e-40■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.92■■■□□ 2.77e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.827e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 HSF1-206ENST00000528988 775 ntTSL 322.53■■□□□ 1.23e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 HSF1-207ENST00000529630 646 ntTSL 219.65■□□□□ 0.743e-7■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 CDHR2-206ENST00000510636 4509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.01□□□□□ -0.491e-6■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 CDHR2-203ENST00000506348 4005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.491e-6■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 CDHR2-201ENST00000261944 4068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.631e-6■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.283e-6■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 RNF40-203ENST00000493683 5371 ntTSL 221.87■■□□□ 1.093e-6■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 RNF40-204ENST00000563683 4063 ntTSL 5 BASIC11.43□□□□□ -0.583e-6■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 RNF40-202ENST00000357890 3917 ntTSL 2 BASIC11.3□□□□□ -0.63e-6■■■■■ 31.7
SF3A3Q12874 ACAP3-206ENST00000467278 2725 ntTSL 1 (best)18.92■□□□□ 0.622e-6■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 FN1-216ENST00000469569 629 ntTSL 28.17□□□□□ -1.11e-28■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 FN1-218ENST00000473614 568 ntTSL 26.98□□□□□ -1.291e-28■■■■■ 31.6
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SF3A3Q12874 GAS5-207ENST00000422207 643 ntTSL 24.9□□□□□ -1.633e-30■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 GAS5-217ENST00000444470 424 ntTSL 24.9□□□□□ -1.633e-30■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 GAS5-212ENST00000434796 575 ntTSL 22.5□□□□□ -2.013e-30■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 NGDN-203ENST00000553336 712 ntTSL 314.37□□□□□ -0.111e-7■■■■■ 31.6
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SF3A3Q12874 COG4-202ENST00000393612 2756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.262e-11■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 COG4-201ENST00000323786 2833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.382e-11■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 COG4-203ENST00000482252 2953 ntTSL 212.27□□□□□ -0.452e-11■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 COG4-207ENST00000530314 3488 ntTSL 1 (best)11.56□□□□□ -0.562e-11■■■■■ 31.6
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SF3A3Q12874 COG4-211ENST00000564415 3000 ntTSL 510.84□□□□□ -0.672e-11■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 DIP2A-206ENST00000472364 2542 ntTSL 213.16□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 RBM6-207ENST00000434592 2342 ntTSL 26.58□□□□□ -1.366e-8■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.922e-20■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 TNFRSF12A-203ENST00000571351 1678 ntTSL 219.89■□□□□ 0.772e-20■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.332e-20■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 TNFRSF12A-205ENST00000574699 583 ntTSL 216.92■□□□□ 0.32e-20■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.162e-20■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 TNFRSF12A-204ENST00000573001 648 ntTSL 3 BASIC9.84□□□□□ -0.832e-20■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.544e-7■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.544e-7■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 TCIRG1-208ENST00000529364 868 ntTSL 314.1□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 31.6
SF3A3Q12874 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.145e-7■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 NSUN2-203ENST00000504374 3217 ntTSL 219.14■□□□□ 0.655e-7■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.55e-7■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 NSUN2-205ENST00000505892 3558 ntTSL 1 (best)8.18□□□□□ -1.15e-7■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.586e-7■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.566e-7■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 PTBP1-215ENST00000589883 683 ntTSL 318.01■□□□□ 0.472e-24■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.785e-7■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 IVNS1ABP-204ENST00000459929 3657 ntTSL 513.78□□□□□ -0.25e-7■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.641e-6■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.151e-6■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 ISOC2-208ENST00000591718 786 ntTSL 215.71■□□□□ 0.111e-6■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.031e-6■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 ISOC2-204ENST00000587226 854 ntTSL 515.19■□□□□ 0.021e-6■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 ISOC2-205ENST00000589080 763 ntTSL 213.72□□□□□ -0.211e-6■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 IQGAP3-203ENST00000491900 5294 ntTSL 1 (best)12.96□□□□□ -0.332e-6■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 IQGAP3-201ENST00000361170 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.352e-6■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 SNHG12-204ENST00000464612 719 ntTSL 1 (best)8.32□□□□□ -1.085e-10■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 SNHG12-207ENST00000475441 444 ntTSL 3 BASIC6.74□□□□□ -1.335e-10■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 HDAC10-219ENST00000497483 578 ntTSL 221.46■■□□□ 1.031e-10■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 HDAC10-208ENST00000470965 810 ntTSL 518.06■□□□□ 0.481e-10■■■■■ 31.5
SF3A3Q12874 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.272e-7■■■■■ 31.5
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