Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.8 ms