Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC27.56■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC27.56■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC27.55■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC27.54■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC27.51■■■□□ 2
CCDC9Q9Y3X0 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms