Protein–RNA interactions for Protein: Q12829

RAB40B, Ras-related protein Rab-40B, humanhuman

Predictions only

Length 278 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RAB40BQ12829 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RAB40BQ12829 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms