Protein–RNA interactions for Protein: P46779

RPL28, 60S ribosomal protein L28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPL28P46779 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
RPL28P46779 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
RPL28P46779 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC13.63□□□□□ -0.23
RPL28P46779 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
RPL28P46779 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
RPL28P46779 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
RPL28P46779 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
RPL28P46779 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
RPL28P46779 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPL28P46779 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPL28P46779 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPL28P46779 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPL28P46779 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPL28P46779 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms