Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 AC079416.2-201ENST00000625035 1193 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL9A1P20849 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms