Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms