Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRQ5

SMCO4, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 59 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO4Q9NRQ5 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMCO4Q9NRQ5 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SMCO4Q9NRQ5 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SMCO4Q9NRQ5 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SMCO4Q9NRQ5 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
SMCO4Q9NRQ5 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SMCO4Q9NRQ5 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMCO4Q9NRQ5 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SMCO4Q9NRQ5 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SMCO4Q9NRQ5 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
SMCO4Q9NRQ5 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
SMCO4Q9NRQ5 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
SMCO4Q9NRQ5 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.8 ms