Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC140Q96MF4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC140Q96MF4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC140Q96MF4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC140Q96MF4 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC140Q96MF4 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC140Q96MF4 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC140Q96MF4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms