Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG3P49916 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG3P49916 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG3P49916 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG3P49916 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG3P49916 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG3P49916 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG3P49916 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG3P49916 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG3P49916 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG3P49916 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG3P49916 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG3P49916 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG3P49916 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG3P49916 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG3P49916 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
LIG3P49916 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIG3P49916 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
LIG3P49916 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
LIG3P49916 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
LIG3P49916 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG3P49916 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG3P49916 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG3P49916 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG3P49916 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIG3P49916 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIG3P49916 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIG3P49916 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIG3P49916 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIG3P49916 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIG3P49916 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIG3P49916 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIG3P49916 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
LIG3P49916 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
LIG3P49916 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
LIG3P49916 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
LIG3P49916 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIG3P49916 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIG3P49916 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIG3P49916 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG3P49916 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG3P49916 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG3P49916 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG3P49916 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG3P49916 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG3P49916 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG3P49916 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG3P49916 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIG3P49916 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIG3P49916 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIG3P49916 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIG3P49916 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIG3P49916 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIG3P49916 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIG3P49916 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIG3P49916 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIG3P49916 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIG3P49916 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIG3P49916 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIG3P49916 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIG3P49916 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG3P49916 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG3P49916 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG3P49916 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG3P49916 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG3P49916 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG3P49916 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG3P49916 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG3P49916 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG3P49916 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIG3P49916 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIG3P49916 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIG3P49916 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIG3P49916 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIG3P49916 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIG3P49916 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIG3P49916 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIG3P49916 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIG3P49916 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIG3P49916 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIG3P49916 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIG3P49916 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIG3P49916 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIG3P49916 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIG3P49916 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIG3P49916 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIG3P49916 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIG3P49916 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIG3P49916 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
LIG3P49916 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
LIG3P49916 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIG3P49916 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIG3P49916 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIG3P49916 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIG3P49916 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIG3P49916 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIG3P49916 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIG3P49916 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIG3P49916 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIG3P49916 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms