Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC46.05■■■■■ 4.96
CUX1P39880 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC46.05■■■■■ 4.96
CUX1P39880 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC46.05■■■■■ 4.96
CUX1P39880 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC46.04■■■■■ 4.96
CUX1P39880 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.04■■■■■ 4.96
CUX1P39880 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC46.03■■■■■ 4.96
CUX1P39880 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC46.03■■■■■ 4.96
CUX1P39880 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.01■■■■■ 4.96
CUX1P39880 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.01■■■■■ 4.96
CUX1P39880 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC46■■■■■ 4.95
CUX1P39880 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46■■■■■ 4.95
CUX1P39880 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC45.99■■■■■ 4.95
CUX1P39880 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC45.98■■■■■ 4.95
CUX1P39880 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC45.98■■■■■ 4.95
CUX1P39880 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC45.98■■■■■ 4.95
CUX1P39880 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.97■■■■■ 4.95
CUX1P39880 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC45.96■■■■■ 4.95
CUX1P39880 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC45.95■■■■■ 4.95
CUX1P39880 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC45.93■■■■■ 4.94
CUX1P39880 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC45.93■■■■■ 4.94
CUX1P39880 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC45.92■■■■■ 4.94
CUX1P39880 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC45.92■■■■■ 4.94
CUX1P39880 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC45.92■■■■■ 4.94
CUX1P39880 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC45.9■■■■■ 4.94
CUX1P39880 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.89■■■■■ 4.94
CUX1P39880 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC45.89■■■■■ 4.94
CUX1P39880 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC45.89■■■■■ 4.94
CUX1P39880 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC45.88■■■■■ 4.94
CUX1P39880 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45.88■■■■■ 4.94
CUX1P39880 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC45.87■■■■■ 4.93
CUX1P39880 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC45.87■■■■■ 4.93
CUX1P39880 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC45.87■■■■■ 4.93
CUX1P39880 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC45.83■■■■■ 4.93
CUX1P39880 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC45.83■■■■■ 4.93
CUX1P39880 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.81■■■■■ 4.92
CUX1P39880 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.81■■■■■ 4.92
CUX1P39880 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC45.81■■■■■ 4.92
CUX1P39880 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC45.81■■■■■ 4.92
CUX1P39880 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.8■■■■■ 4.92
CUX1P39880 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC45.78■■■■■ 4.92
CUX1P39880 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC45.78■■■■■ 4.92
CUX1P39880 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.78■■■■■ 4.92
CUX1P39880 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC45.77■■■■■ 4.92
CUX1P39880 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.77■■■■■ 4.92
CUX1P39880 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC45.77■■■■■ 4.92
CUX1P39880 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC45.77■■■■■ 4.92
CUX1P39880 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC45.77■■■■■ 4.92
CUX1P39880 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC45.76■■■■■ 4.92
CUX1P39880 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC45.76■■■■■ 4.92
CUX1P39880 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC45.73■■■■■ 4.91
CUX1P39880 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC45.73■■■■■ 4.91
CUX1P39880 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.73■■■■■ 4.91
CUX1P39880 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC45.73■■■■■ 4.91
CUX1P39880 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45.72■■■■■ 4.91
CUX1P39880 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.71■■■■■ 4.91
CUX1P39880 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.69■■■■■ 4.9
CUX1P39880 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC45.67■■■■■ 4.9
CUX1P39880 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.66■■■■■ 4.9
CUX1P39880 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC45.66■■■■■ 4.9
CUX1P39880 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC45.65■■■■■ 4.9
CUX1P39880 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC45.64■■■■■ 4.9
CUX1P39880 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC45.64■■■■■ 4.9
CUX1P39880 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC45.62■■■■■ 4.89
CUX1P39880 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.62■■■■■ 4.89
CUX1P39880 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC45.61■■■■■ 4.89
CUX1P39880 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.6■■■■■ 4.89
CUX1P39880 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC45.6■■■■■ 4.89
CUX1P39880 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.59■■■■■ 4.89
CUX1P39880 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45.58■■■■■ 4.89
CUX1P39880 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.56■■■■■ 4.88
CUX1P39880 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC45.56■■■■■ 4.88
CUX1P39880 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC45.53■■■■■ 4.88
CUX1P39880 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC45.53■■■■■ 4.88
CUX1P39880 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.53■■■■■ 4.88
CUX1P39880 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC45.52■■■■■ 4.88
CUX1P39880 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.52■■■■■ 4.88
CUX1P39880 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45.5■■■■■ 4.87
CUX1P39880 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC45.5■■■■■ 4.87
CUX1P39880 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC45.47■■■■■ 4.87
CUX1P39880 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC45.47■■■■■ 4.87
CUX1P39880 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC45.45■■■■■ 4.87
CUX1P39880 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC45.45■■■■■ 4.87
CUX1P39880 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.44■■■■■ 4.87
CUX1P39880 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC45.44■■■■■ 4.86
CUX1P39880 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC45.44■■■■■ 4.86
CUX1P39880 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC45.43■■■■■ 4.86
CUX1P39880 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC45.43■■■■■ 4.86
CUX1P39880 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.43■■■■■ 4.86
CUX1P39880 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.43■■■■■ 4.86
CUX1P39880 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC45.42■■■■■ 4.86
CUX1P39880 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC45.4■■■■■ 4.86
CUX1P39880 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45.4■■■■■ 4.86
CUX1P39880 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.39■■■■■ 4.86
CUX1P39880 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC45.39■■■■■ 4.86
CUX1P39880 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC45.39■■■■■ 4.86
CUX1P39880 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC45.39■■■■■ 4.86
CUX1P39880 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC45.39■■■■■ 4.86
CUX1P39880 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC45.39■■■■■ 4.86
CUX1P39880 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC45.39■■■■■ 4.86
CUX1P39880 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC45.39■■■■■ 4.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms