Protein–RNA interactions for Protein: P22223

CDH3, Cadherin-3, humanhuman

Predictions only

Length 829 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDH3P22223 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CDH3P22223 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CDH3P22223 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CDH3P22223 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CDH3P22223 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CDH3P22223 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
CDH3P22223 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CDH3P22223 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CDH3P22223 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CDH3P22223 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CDH3P22223 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CDH3P22223 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CDH3P22223 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CDH3P22223 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CDH3P22223 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CDH3P22223 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CDH3P22223 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CDH3P22223 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CDH3P22223 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CDH3P22223 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CDH3P22223 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CDH3P22223 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CDH3P22223 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CDH3P22223 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CDH3P22223 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CDH3P22223 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CDH3P22223 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CDH3P22223 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CDH3P22223 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CDH3P22223 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CDH3P22223 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CDH3P22223 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CDH3P22223 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CDH3P22223 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CDH3P22223 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CDH3P22223 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CDH3P22223 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CDH3P22223 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CDH3P22223 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CDH3P22223 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CDH3P22223 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CDH3P22223 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CDH3P22223 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CDH3P22223 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CDH3P22223 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CDH3P22223 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CDH3P22223 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CDH3P22223 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CDH3P22223 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CDH3P22223 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CDH3P22223 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CDH3P22223 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CDH3P22223 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CDH3P22223 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CDH3P22223 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CDH3P22223 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CDH3P22223 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CDH3P22223 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CDH3P22223 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CDH3P22223 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CDH3P22223 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CDH3P22223 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CDH3P22223 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CDH3P22223 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CDH3P22223 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CDH3P22223 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CDH3P22223 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CDH3P22223 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CDH3P22223 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CDH3P22223 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CDH3P22223 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CDH3P22223 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CDH3P22223 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CDH3P22223 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CDH3P22223 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CDH3P22223 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CDH3P22223 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CDH3P22223 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CDH3P22223 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CDH3P22223 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CDH3P22223 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CDH3P22223 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CDH3P22223 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CDH3P22223 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CDH3P22223 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CDH3P22223 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CDH3P22223 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CDH3P22223 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CDH3P22223 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CDH3P22223 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CDH3P22223 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CDH3P22223 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CDH3P22223 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CDH3P22223 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CDH3P22223 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CDH3P22223 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CDH3P22223 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CDH3P22223 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CDH3P22223 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CDH3P22223 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms