Protein–RNA interactions for Protein: Q96M19

LINC00477, Putative transmembrane protein encoded by LINC00477, humanhuman

Predictions only

Length 166 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00477Q96M19 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00477Q96M19 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms