Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms