Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 UBAC2-211ENST00000494576 1855 ntTSL 215.76■□□□□ 0.114e-7■■■■■ 29.3
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UPF1Q92900 UBAC2-205ENST00000460562 2350 ntTSL 213.56□□□□□ -0.244e-7■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 BLOC1S5-201ENST00000244777 2445 ntTSL 1 (best)18.01■□□□□ 0.475e-16■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.465e-16■■■■■ 29.3
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UPF1Q92900 ACSS2-211ENST00000477932 2450 ntTSL 519.9■□□□□ 0.781e-11■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.71e-11■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.221e-11■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 ACSS2-214ENST00000481284 2851 ntTSL 210.94□□□□□ -0.661e-11■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 NUP210-201ENST00000254508 7193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.131e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 RETREG3-203ENST00000585894 1733 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.322e-11■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.926e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 COPZ1-206ENST00000549043 1232 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.377e-14■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 COPZ1-209ENST00000550171 1026 ntTSL 213.63□□□□□ -0.237e-14■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.711e-8■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 MED22-209ENST00000610888 3867 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.051e-8■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 MED22-210ENST00000614493 3886 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.35□□□□□ -0.591e-8■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 MED22-208ENST00000610672 4367 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC10.19□□□□□ -0.781e-8■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.221e-6■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 SUV39H1-201ENST00000337852 2978 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.241e-6■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.353e-8■■■■■ 29.3
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UPF1Q92900 SERINC5-204ENST00000512972 1627 ntTSL 227.76■■■□□ 2.033e-8■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 SERINC5-202ENST00000507668 6479 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.35□□□□□ -0.593e-8■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.041e-23■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 RCC2-203ENST00000474892 783 ntTSL 320.85■□□□□ 0.934e-15■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.922e-7■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.465e-7■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 DBNL-201ENST00000411855 1447 ntTSL 223.81■■□□□ 1.45e-7■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 KCNAB2-206ENST00000378097 4201 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.351e-6■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 KCNAB2-202ENST00000341524 4207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.371e-6■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 KCNAB2-204ENST00000378083 4142 ntTSL 2 BASIC12.67□□□□□ -0.381e-6■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 KCNAB2-201ENST00000164247 4273 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC12.29□□□□□ -0.441e-6■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 KCNAB2-203ENST00000352527 4165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.471e-6■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 PMM1-205ENST00000472620 1576 ntTSL 520.08■□□□□ 0.84e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 PMM1-201ENST00000216259 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.524e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 PMM1-208ENST00000485648 1405 ntTSL 517.83■□□□□ 0.454e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 PMM1-203ENST00000463617 2538 ntTSL 214.86□□□□□ -0.034e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 PMM1-207ENST00000482178 2020 ntTSL 214.24□□□□□ -0.134e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.884e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.774e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.774e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.764e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.754e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 14e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 MEGF8-206ENST00000598762 225 ntTSL 313.2□□□□□ -0.34e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 MEGF8-202ENST00000334370 10966 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.574e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 MEGF8-203ENST00000378073 11034 ntTSL 5 BASIC10.91□□□□□ -0.664e-7■■■■■ 29.2
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UPF1Q92900 SELENOI-201ENST00000260585 8101 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.13□□□□□ -1.751e-6■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.269e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 EPHA2-201ENST00000358432 3964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.046e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 MED22-205ENST00000471524 879 ntTSL 328.32■■■□□ 2.127e-8■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.964e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.354e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.224e-7■■■■■ 29.2
UPF1Q92900 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.386e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.36e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SPRYD3-201ENST00000301463 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.434e-8■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 CENPA-206ENST00000475662 1208 ntTSL 223.68■■□□□ 1.381e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SLC35F6-203ENST00000429494 3738 ntTSL 1 (best)10.93□□□□□ -0.661e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SLC35F6-201ENST00000344420 3898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.73□□□□□ -0.691e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SLC35F6-202ENST00000414029 3605 ntTSL 1 (best)9.75□□□□□ -0.851e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.681e-16■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.011e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 UHRF1BP1-201ENST00000192788 9570 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.16□□□□□ -0.941e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 GPATCH8-201ENST00000335500 8109 ntTSL 28.74□□□□□ -1.013e-10■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 RAPGEF1-202ENST00000372190 6045 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.113e-8■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 RAPGEF1-201ENST00000372189 6085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.243e-8■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.131e-6■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PC-206ENST00000528224 1008 ntTSL 220.72■□□□□ 0.911e-6■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PC-202ENST00000393958 4005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.51e-6■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PC-201ENST00000393955 4004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.29□□□□□ -0.761e-6■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PC-203ENST00000393960 4192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.83□□□□□ -0.841e-6■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 STAT3-205ENST00000462286 1982 nt14.6□□□□□ -0.072e-11■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 STAT3-211ENST00000585517 3319 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.52e-11■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 RRP36-202ENST00000607394 528 ntTSL 27.74□□□□□ -1.173e-8■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PLIN2-207ENST00000475923 1000 ntTSL 312.6□□□□□ -0.392e-42■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 FAM8A1-201ENST00000259963 4677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.075e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.5■□□□□ 0.712e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 CARHSP1-218ENST00000614449 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.052e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 CARHSP1-202ENST00000396593 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.182e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 CARHSP1-220ENST00000619881 2849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.72□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 CARHSP1-216ENST00000610831 2841 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.292e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 CARHSP1-217ENST00000611932 2833 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13□□□□□ -0.332e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SHC1-211ENST00000490667 727 ntTSL 218.6■□□□□ 0.577e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.692e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 NECAB3-213ENST00000488489 2142 ntTSL 223.48■■□□□ 1.352e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.212e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 NECAB3-218ENST00000606525 2010 ntTSL 219.64■□□□□ 0.732e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 NECAB3-206ENST00000477778 462 ntTSL 318.71■□□□□ 0.592e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PACSIN2-202ENST00000337959 3149 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.251e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.241e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.11e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PACSIN2-211ENST00000507586 362 ntTSL 310□□□□□ -0.811e-7■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.23e-11■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 DOK4-210ENST00000566936 2851 ntTSL 3 BASIC13.92□□□□□ -0.183e-11■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SEMA3B-208ENST00000456210 2065 ntTSL 220.69■□□□□ 0.95e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.865e-9■■■■■ 29.1
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