RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000456210.5

SEMA3B-208, Transcript of semaphorin 3B, human

TSL 2

Gene SEMA3B, Length 2,065 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SEMA3B-208	ENST00000456210	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		38.09	■■■■□ 3.69
SEMA3B-208	ENST00000456210	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		33.26	■■■□□ 2.92
SEMA3B-208	ENST00000456210	ABCC9	O60706	1549 aa		32.29	■■■□□ 2.76
SEMA3B-208	ENST00000456210	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	32.09	■■■□□ 2.73
SEMA3B-208	ENST00000456210	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		32.08	■■■□□ 2.73
SEMA3B-208	ENST00000456210	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	31.77	■■■□□ 2.68
SEMA3B-208	ENST00000456210	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		31.74	■■■□□ 2.67
SEMA3B-208	ENST00000456210	HRC	P23327	699 aa		31.74	■■■□□ 2.67
SEMA3B-208	ENST00000456210	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		31.55	■■■□□ 2.64
SEMA3B-208	ENST00000456210	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		31.46	■■■□□ 2.63
SEMA3B-208	ENST00000456210	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		31.39	■■■□□ 2.62
SEMA3B-208	ENST00000456210	NACAD	O15069	1562 aa		31.15	■■■□□ 2.58
SEMA3B-208	ENST00000456210	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		31.08	■■■□□ 2.57
SEMA3B-208	ENST00000456210	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		31.07	■■■□□ 2.56
SEMA3B-208	ENST00000456210	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	30.8	■■■□□ 2.52
SEMA3B-208	ENST00000456210	SCRIB	Q14160	1630 aa		30.68	■■■□□ 2.5
SEMA3B-208	ENST00000456210	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		30.59	■■■□□ 2.49
SEMA3B-208	ENST00000456210	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	30.43	■■■□□ 2.46
SEMA3B-208	ENST00000456210	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		30.38	■■■□□ 2.45
SEMA3B-208	ENST00000456210	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	30.38	■■■□□ 2.45	3e-8	■■■■□ 20.2
SEMA3B-208	ENST00000456210	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		30.25	■■■□□ 2.43
SEMA3B-208	ENST00000456210	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	30.16	■■■□□ 2.42
SEMA3B-208	ENST00000456210	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	30.13	■■■□□ 2.41
SEMA3B-208	ENST00000456210	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	29.76	■■■□□ 2.35
SEMA3B-208	ENST00000456210	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	29.67	■■■□□ 2.34
SEMA3B-208	ENST00000456210	TRIM41	Q8WV44	630 aa		29.61	■■■□□ 2.33
SEMA3B-208	ENST00000456210	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		29.6	■■■□□ 2.33
SEMA3B-208	ENST00000456210	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		29.46	■■■□□ 2.31
SEMA3B-208	ENST00000456210	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	29.38	■■■□□ 2.29
SEMA3B-208	ENST00000456210	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	29.38	■■■□□ 2.29
SEMA3B-208	ENST00000456210	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	29.29	■■■□□ 2.28
SEMA3B-208	ENST00000456210	SMARCA4	P51532	1647 aa		29.27	■■■□□ 2.28
SEMA3B-208	ENST00000456210	WIZ	O95785	1651 aa		29.26	■■■□□ 2.27
SEMA3B-208	ENST00000456210	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		29.21	■■■□□ 2.27
SEMA3B-208	ENST00000456210	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	29.17	■■■□□ 2.26
SEMA3B-208	ENST00000456210	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		29.15	■■■□□ 2.26
SEMA3B-208	ENST00000456210	NEUROD1	Q13562	356 aa		29	■■■□□ 2.23
SEMA3B-208	ENST00000456210	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		28.97	■■■□□ 2.23
SEMA3B-208	ENST00000456210	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	28.95	■■■□□ 2.22
SEMA3B-208	ENST00000456210	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	28.95	■■■□□ 2.22
SEMA3B-208	ENST00000456210	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	28.94	■■■□□ 2.22
SEMA3B-208	ENST00000456210	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		28.92	■■■□□ 2.22
SEMA3B-208	ENST00000456210	MYT1	Q01538	1121 aa		28.89	■■■□□ 2.22
SEMA3B-208	ENST00000456210	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	28.88	■■■□□ 2.21
SEMA3B-208	ENST00000456210	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	28.87	■■■□□ 2.21
SEMA3B-208	ENST00000456210	SMARCA2	P51531	1590 aa		28.86	■■■□□ 2.21
SEMA3B-208	ENST00000456210	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		28.86	■■■□□ 2.21
SEMA3B-208	ENST00000456210	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	28.85	■■■□□ 2.21
SEMA3B-208	ENST00000456210	NCAPD3	P42695	1498 aa		28.78	■■■□□ 2.2
SEMA3B-208	ENST00000456210	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		28.78	■■■□□ 2.2
SEMA3B-208	ENST00000456210	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	28.77	■■■□□ 2.2
SEMA3B-208	ENST00000456210	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		28.67	■■■□□ 2.18
SEMA3B-208	ENST00000456210	HMGXB3	Q12766	1538 aa		28.66	■■■□□ 2.18
SEMA3B-208	ENST00000456210	CEP162	Q5TB80	1403 aa		28.59	■■■□□ 2.17
SEMA3B-208	ENST00000456210	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		28.52	■■■□□ 2.16
SEMA3B-208	ENST00000456210	ABCC8	Q09428	1581 aa		28.49	■■■□□ 2.15
SEMA3B-208	ENST00000456210	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	28.47	■■■□□ 2.15
SEMA3B-208	ENST00000456210	EEA1	Q15075	1411 aa		28.45	■■■□□ 2.14
SEMA3B-208	ENST00000456210	SOGA1	O94964	1423 aa		28.32	■■■□□ 2.12
SEMA3B-208	ENST00000456210	GOLGA3	Q08378	1498 aa		28.25	■■■□□ 2.11
SEMA3B-208	ENST00000456210	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	28.23	■■■□□ 2.11
SEMA3B-208	ENST00000456210	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		28.19	■■■□□ 2.1
SEMA3B-208	ENST00000456210	NES	P48681	1621 aa		28.16	■■■□□ 2.1
SEMA3B-208	ENST00000456210	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		28.15	■■■□□ 2.1
SEMA3B-208	ENST00000456210	MIER1	Q8N108	512 aa		28.11	■■■□□ 2.09
SEMA3B-208	ENST00000456210	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	28.08	■■■□□ 2.09
SEMA3B-208	ENST00000456210	KIF21B	O75037	1637 aa		28.08	■■■□□ 2.09
SEMA3B-208	ENST00000456210	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	28.06	■■■□□ 2.08
SEMA3B-208	ENST00000456210	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		28.03	■■■□□ 2.08
SEMA3B-208	ENST00000456210	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		28.01	■■■□□ 2.07
SEMA3B-208	ENST00000456210	CFTR	P13569	1480 aa		27.98	■■■□□ 2.07
SEMA3B-208	ENST00000456210	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		27.92	■■■□□ 2.06
SEMA3B-208	ENST00000456210	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		27.92	■■■□□ 2.06
SEMA3B-208	ENST00000456210	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		27.91	■■■□□ 2.06
SEMA3B-208	ENST00000456210	CLIP1	P30622	1438 aa		27.88	■■■□□ 2.05
SEMA3B-208	ENST00000456210	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	27.87	■■■□□ 2.05
SEMA3B-208	ENST00000456210	SYNJ1	O43426	1573 aa		27.86	■■■□□ 2.05
SEMA3B-208	ENST00000456210	PRDM2	Q13029	1718 aa		27.79	■■■□□ 2.04
SEMA3B-208	ENST00000456210	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		27.78	■■■□□ 2.04
SEMA3B-208	ENST00000456210	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		27.75	■■■□□ 2.03
SEMA3B-208	ENST00000456210	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		27.72	■■■□□ 2.03
SEMA3B-208	ENST00000456210	TOP2B	Q02880	1626 aa		27.7	■■■□□ 2.03
SEMA3B-208	ENST00000456210	ERCC6	Q03468	1493 aa		27.7	■■■□□ 2.02
SEMA3B-208	ENST00000456210	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		27.66	■■■□□ 2.02
SEMA3B-208	ENST00000456210	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		27.64	■■■□□ 2.01
SEMA3B-208	ENST00000456210	APLP2	Q06481	763 aa		27.63	■■■□□ 2.01
SEMA3B-208	ENST00000456210	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	27.62	■■■□□ 2.01
SEMA3B-208	ENST00000456210	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	27.6	■■■□□ 2.01
SEMA3B-208	ENST00000456210	CUX1	P39880	1505 aa		27.52	■■■□□ 2
SEMA3B-208	ENST00000456210	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		27.48	■■□□□ 1.99
SEMA3B-208	ENST00000456210	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	27.47	■■□□□ 1.99
SEMA3B-208	ENST00000456210	CUX2	O14529	1486 aa		27.46	■■□□□ 1.99
SEMA3B-208	ENST00000456210	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	27.43	■■□□□ 1.98
SEMA3B-208	ENST00000456210	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		27.42	■■□□□ 1.98
SEMA3B-208	ENST00000456210	ARAP1	Q96P48	1450 aa		27.42	■■□□□ 1.98
SEMA3B-208	ENST00000456210	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	27.42	■■□□□ 1.98
SEMA3B-208	ENST00000456210	TOPBP1	Q92547	1522 aa		27.37	■■□□□ 1.97
SEMA3B-208	ENST00000456210	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		27.36	■■□□□ 1.97
SEMA3B-208	ENST00000456210	PRX	Q9BXM0	1461 aa		27.35	■■□□□ 1.97
SEMA3B-208	ENST00000456210	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		27.33	■■□□□ 1.97

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