Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC37.95■■■■□ 3.67
CCDC61Q9Y6R9 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
CCDC61Q9Y6R9 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
CCDC61Q9Y6R9 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC61Q9Y6R9 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC61Q9Y6R9 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
CCDC61Q9Y6R9 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC37.87■■■■□ 3.65
CCDC61Q9Y6R9 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC37.86■■■■□ 3.65
CCDC61Q9Y6R9 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
CCDC61Q9Y6R9 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
CCDC61Q9Y6R9 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
CCDC61Q9Y6R9 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC37.81■■■■□ 3.64
CCDC61Q9Y6R9 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.81■■■■□ 3.64
CCDC61Q9Y6R9 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.81■■■■□ 3.64
CCDC61Q9Y6R9 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.8■■■■□ 3.64
CCDC61Q9Y6R9 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
CCDC61Q9Y6R9 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC37.79■■■■□ 3.64
CCDC61Q9Y6R9 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC37.78■■■■□ 3.64
CCDC61Q9Y6R9 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC61Q9Y6R9 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC61Q9Y6R9 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC61Q9Y6R9 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
CCDC61Q9Y6R9 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC37.75■■■■□ 3.63
CCDC61Q9Y6R9 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC37.74■■■■□ 3.63
CCDC61Q9Y6R9 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
CCDC61Q9Y6R9 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
CCDC61Q9Y6R9 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.69■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC37.68■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC37.68■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC61Q9Y6R9 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC37.63■■■■□ 3.61
CCDC61Q9Y6R9 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC37.63■■■■□ 3.61
CCDC61Q9Y6R9 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC37.62■■■■□ 3.61
CCDC61Q9Y6R9 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.62■■■■□ 3.61
CCDC61Q9Y6R9 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
CCDC61Q9Y6R9 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
CCDC61Q9Y6R9 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
CCDC61Q9Y6R9 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC61Q9Y6R9 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC61Q9Y6R9 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC61Q9Y6R9 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
CCDC61Q9Y6R9 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
CCDC61Q9Y6R9 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC37.57■■■■□ 3.6
CCDC61Q9Y6R9 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC37.56■■■■□ 3.6
CCDC61Q9Y6R9 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
CCDC61Q9Y6R9 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC37.52■■■■□ 3.6
CCDC61Q9Y6R9 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC37.52■■■■□ 3.6
CCDC61Q9Y6R9 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC37.52■■■■□ 3.6
CCDC61Q9Y6R9 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
CCDC61Q9Y6R9 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
CCDC61Q9Y6R9 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC37.5■■■■□ 3.59
CCDC61Q9Y6R9 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC37.5■■■■□ 3.59
CCDC61Q9Y6R9 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC37.48■■■■□ 3.59
CCDC61Q9Y6R9 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC37.48■■■■□ 3.59
CCDC61Q9Y6R9 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC37.47■■■■□ 3.59
CCDC61Q9Y6R9 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC37.47■■■■□ 3.59
CCDC61Q9Y6R9 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
CCDC61Q9Y6R9 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
CCDC61Q9Y6R9 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
CCDC61Q9Y6R9 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CCDC61Q9Y6R9 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.43■■■■□ 3.58
CCDC61Q9Y6R9 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC37.41■■■■□ 3.58
CCDC61Q9Y6R9 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC37.41■■■■□ 3.58
CCDC61Q9Y6R9 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
CCDC61Q9Y6R9 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.58
CCDC61Q9Y6R9 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.35■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC37.35■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC37.34■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC37.34■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.57
CCDC61Q9Y6R9 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.32■■■■□ 3.56
CCDC61Q9Y6R9 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC37.31■■■■□ 3.56
CCDC61Q9Y6R9 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
CCDC61Q9Y6R9 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
CCDC61Q9Y6R9 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC37.3■■■■□ 3.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms