Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC9Q9Y3X0 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC37.14■■■■□ 3.54
CCDC9Q9Y3X0 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC37.13■■■■□ 3.53
CCDC9Q9Y3X0 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC37.1■■■■□ 3.53
CCDC9Q9Y3X0 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.09■■■■□ 3.53
CCDC9Q9Y3X0 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
CCDC9Q9Y3X0 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC9Q9Y3X0 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC9Q9Y3X0 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC37.04■■■■□ 3.52
CCDC9Q9Y3X0 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC9Q9Y3X0 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC37.02■■■■□ 3.52
CCDC9Q9Y3X0 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
CCDC9Q9Y3X0 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
CCDC9Q9Y3X0 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC37■■■■□ 3.51
CCDC9Q9Y3X0 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC36.99■■■■□ 3.51
CCDC9Q9Y3X0 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC36.99■■■■□ 3.51
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
CCDC9Q9Y3X0 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
CCDC9Q9Y3X0 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
CCDC9Q9Y3X0 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
CCDC9Q9Y3X0 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC36.95■■■■□ 3.51
CCDC9Q9Y3X0 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
CCDC9Q9Y3X0 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
CCDC9Q9Y3X0 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC36.94■■■■□ 3.5
CCDC9Q9Y3X0 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC36.93■■■■□ 3.5
CCDC9Q9Y3X0 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
CCDC9Q9Y3X0 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC36.91■■■■□ 3.5
CCDC9Q9Y3X0 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC36.91■■■■□ 3.5
CCDC9Q9Y3X0 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
CCDC9Q9Y3X0 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC36.89■■■■□ 3.5
CCDC9Q9Y3X0 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC36.89■■■■□ 3.5
CCDC9Q9Y3X0 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC36.89■■■■□ 3.5
CCDC9Q9Y3X0 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.88■■■■□ 3.49
CCDC9Q9Y3X0 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC36.86■■■■□ 3.49
CCDC9Q9Y3X0 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
CCDC9Q9Y3X0 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC36.85■■■■□ 3.49
CCDC9Q9Y3X0 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC36.83■■■■□ 3.49
CCDC9Q9Y3X0 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC36.83■■■■□ 3.49
CCDC9Q9Y3X0 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC36.82■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC36.82■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC36.82■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC36.8■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC36.79■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC36.76■■■■□ 3.48
CCDC9Q9Y3X0 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
CCDC9Q9Y3X0 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
CCDC9Q9Y3X0 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
CCDC9Q9Y3X0 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CCDC9Q9Y3X0 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC9Q9Y3X0 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC9Q9Y3X0 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
CCDC9Q9Y3X0 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC36.68■■■■□ 3.46
CCDC9Q9Y3X0 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC9Q9Y3X0 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC9Q9Y3X0 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC9Q9Y3X0 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC9Q9Y3X0 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC9Q9Y3X0 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC9Q9Y3X0 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC9Q9Y3X0 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC9Q9Y3X0 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC9Q9Y3X0 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC36.57■■■■□ 3.44
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC36.57■■■■□ 3.44
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC36.57■■■■□ 3.44
CCDC9Q9Y3X0 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC9Q9Y3X0 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC9Q9Y3X0 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC9Q9Y3X0 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC9Q9Y3X0 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC9Q9Y3X0 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC9Q9Y3X0 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC36.51■■■■□ 3.44
CCDC9Q9Y3X0 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC9Q9Y3X0 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC9Q9Y3X0 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC9Q9Y3X0 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC9Q9Y3X0 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC36.41■■■■□ 3.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms