Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
SMARCAL1Q9NZC9 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SMARCAL1Q9NZC9 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SMARCAL1Q9NZC9 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SMARCAL1Q9NZC9 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SMARCAL1Q9NZC9 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SMARCAL1Q9NZC9 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SMARCAL1Q9NZC9 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SMARCAL1Q9NZC9 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SMARCAL1Q9NZC9 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SMARCAL1Q9NZC9 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SMARCAL1Q9NZC9 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMARCAL1Q9NZC9 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMARCAL1Q9NZC9 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SMARCAL1Q9NZC9 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SMARCAL1Q9NZC9 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SMARCAL1Q9NZC9 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SMARCAL1Q9NZC9 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SMARCAL1Q9NZC9 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SMARCAL1Q9NZC9 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SMARCAL1Q9NZC9 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SMARCAL1Q9NZC9 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SMARCAL1Q9NZC9 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SMARCAL1Q9NZC9 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMARCAL1Q9NZC9 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SMARCAL1Q9NZC9 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SMARCAL1Q9NZC9 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SMARCAL1Q9NZC9 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMARCAL1Q9NZC9 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMARCAL1Q9NZC9 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMARCAL1Q9NZC9 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMARCAL1Q9NZC9 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMARCAL1Q9NZC9 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMARCAL1Q9NZC9 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMARCAL1Q9NZC9 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMARCAL1Q9NZC9 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCAL1Q9NZC9 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCAL1Q9NZC9 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMARCAL1Q9NZC9 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMARCAL1Q9NZC9 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMARCAL1Q9NZC9 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms