Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
KLHL28Q9NXS3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
KLHL28Q9NXS3 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
KLHL28Q9NXS3 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
KLHL28Q9NXS3 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
KLHL28Q9NXS3 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
KLHL28Q9NXS3 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
KLHL28Q9NXS3 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
KLHL28Q9NXS3 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
KLHL28Q9NXS3 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
KLHL28Q9NXS3 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
KLHL28Q9NXS3 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
KLHL28Q9NXS3 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
KLHL28Q9NXS3 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
KLHL28Q9NXS3 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
KLHL28Q9NXS3 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
KLHL28Q9NXS3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
KLHL28Q9NXS3 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
KLHL28Q9NXS3 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
KLHL28Q9NXS3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
KLHL28Q9NXS3 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
KLHL28Q9NXS3 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
KLHL28Q9NXS3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
KLHL28Q9NXS3 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
KLHL28Q9NXS3 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
KLHL28Q9NXS3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
KLHL28Q9NXS3 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
KLHL28Q9NXS3 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
KLHL28Q9NXS3 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
KLHL28Q9NXS3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
KLHL28Q9NXS3 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
KLHL28Q9NXS3 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
KLHL28Q9NXS3 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
KLHL28Q9NXS3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
KLHL28Q9NXS3 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
KLHL28Q9NXS3 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
KLHL28Q9NXS3 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
KLHL28Q9NXS3 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
KLHL28Q9NXS3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
KLHL28Q9NXS3 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
KLHL28Q9NXS3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
KLHL28Q9NXS3 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
KLHL28Q9NXS3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
KLHL28Q9NXS3 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms