Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC33.39■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC33.39■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC33.34■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC33.31■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC33.31■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC33.3■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC33.25■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.25■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC33.23■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC33.14■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC33.13■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC33.08■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC33.03■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC33■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.95■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC32.94■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC32.89■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC32.86■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC32.85■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC32.85■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.83■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC32.82■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC32.81■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
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