Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CLN3Q13286 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
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