Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLN3Q13286 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CLN3Q13286 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CLN3Q13286 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLN3Q13286 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CLN3Q13286 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CLN3Q13286 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CLN3Q13286 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CLN3Q13286 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CLN3Q13286 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms