Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
IFT88Q13099 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
IFT88Q13099 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
IFT88Q13099 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
IFT88Q13099 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
IFT88Q13099 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
IFT88Q13099 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
IFT88Q13099 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
IFT88Q13099 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
IFT88Q13099 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
IFT88Q13099 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
IFT88Q13099 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
IFT88Q13099 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
IFT88Q13099 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
IFT88Q13099 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
IFT88Q13099 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
IFT88Q13099 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
IFT88Q13099 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
IFT88Q13099 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
IFT88Q13099 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
IFT88Q13099 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
IFT88Q13099 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
IFT88Q13099 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27■■□□□ 1.91
IFT88Q13099 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
IFT88Q13099 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
IFT88Q13099 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
IFT88Q13099 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
IFT88Q13099 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
IFT88Q13099 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
IFT88Q13099 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
IFT88Q13099 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
IFT88Q13099 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
IFT88Q13099 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
IFT88Q13099 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
IFT88Q13099 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
IFT88Q13099 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
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